Taqman qPCR protocols are run on a real time PCR instrument. Use an appropriate instrument specific Fluorophore/Quencher combination.
>chr10:31506063-31506185 123bp CCCAGTATGCATTTCTTAAAGC AAAAGTCTTATGAGCATCCCTGAAG
Mut = 127 bp
Wt = 123 bp
Fam = Mut
Hex = Wt
Wt Sequence (deletions in lower case):
CATACCACTAACTCTGTGTACCTGAGGAGAAAAGAGTAGAGTCACAAGTGAAATTGTAGATTCTGGCAACAACTTACCTGCTAAGCATCAAACAAACTCTGGCAGGTTTGACTCTTTGTTTTAATTATAAAATTCCTAACTACATTAAAATATTCCCCAGTATGCATTTCTTAAAGCCATGTTacaggatcataatggtaaaactaatattgggaaccttataaatacgattataaacaaattgaaaacttcacttcagggatgctcataagacttttaatttggtaaaaccgatctattttacttgacatattttactttttaagcacattaattgcatttccttctatttgtccctttatccagatccatatccagagaacagaagggtgtgaccatatgacttgttcacagtgtaacactaatttttgctatcgatgtggagagagataccgccagctccggtttttcggagaccacacatcaaacctcagtatatttggatgcaaatatcgctacctcccagagagacctcatttaagaagattagttcgagggtcagtctgtggtaagtagcacacatgattgctctcaggtgcctccttaggatccgaggaagggcaatagcatgagaatatcagccatgcgaatctccagggcttgctatgggccaggggttccagtaggtcctttaccaaagagtgagaagagaatcactccttttatgaacaaaattgaaaagttaaggttgttaacatgacattctttcatgatcagcgcttctgaaaccctgggaaagccaattgctgacaagaagaatgtatggacttaacaggtatctaaacacaaggatgtgctgttgattgtttatagaatatgaaatgggacaatgatgaaaaagcacacacatcccaaagaaataaacaaataaaacagtaaatgttaagacacaatcaatggtagattgtcatagcagaaattaaacaaaattttaaattaaaaatgtttaaataagatataatttatggttgtgaaaaattatatttgattattgaaaatgatgttctaagagaattgttactgatcttggaataagagaaagcgtgcttactccactcaaaatcatctttagcagtccatgtcctacactgtcaagtttattccttctaaagggcagatatttgctccttgtattccgtgatggttgggaagaaaatgtcagtgctattattacttgacagttatattctgatgctgtgaagaaatgtcttggtggatactttaaggatatattactaaagagattaagctgtatgtttataatatgtaaccctttgtactgtattctagcttcttccacacagctctatggatacacatgcccttgttcaataagatttcatgtcacttaactgagttttgttattgtgtaaagcaaaagaaaaaaacgtatgtctgggcattatgttaaatggacaacaattcatatctaaatactaggtattaagtaatgctaaaattgatatttaaaactgtatttttttatatctagtcatctaattccaaaactgttttctatgaattaaaaaagttaatttttcctgccaaactcccaacaaatggctgaattatctttcattcattggtcaatgatcataacttatagatggtattgctgtgtgattcttaagtagctgtgtgactactgcagacttcctgttcccttcacactctttgtgacatttcgtttgtacggttatgtcaaaagtcacagcacagtaacaagaaataagtaactgtcctggttttgtctatgttggagccttttagagatatagggagtcctctagtggcttctgggctgcagttacatgtaacaatggtgattattatcacagatcaaatattcattcagcagagaaaccgctggtgctgccaagcgtgctgtgcctgccagcactgagctgtcttacaatgctgcctgttaacatttgtttcagtgattcacttgggtaacttccagcacatcacttacgcagtgggaagttcccctagcagttgtcttcaggcatcccatttggagttcagtctgttagacattcatatgatgtccctctttatctagcaagtaaataaagcattgttcttagacatggggctggtcagacaccctctctgatccctactggctgtctaactttgtgagctcaatagattatcctctgagtcactccattcttaatcgttcaacattttgtacgttgaaagtaggagaaatctaaaggaaaagcacagagactgaagcgcatcagtgaaaaggattatagtctgttttgggtataaatagtaagggacctgtggctacacggcatctgcccatggctttgtggcactgtacatacaccatgtatcagttctatatgtgcccttaattgttcttatgcttctttaaggattactgtaactgctctgtaactcagcagtgagagcctttaactcttatacttttgtttttcagctggaaagctcttcattgcgcctctcatcctggttttgggattggcactaggggccatagcagttgtaatcggtaagacacgtgacatatttgagattagatttctcccacagcagtagagaccgtgtgagtgtacatgtggtggtgtgagtcagtcagtttgtgtggtttctgctctgccttgcttaaaacagccatgcagttcagggcatataagtcagaggaaCATGTTTCCTACAGGATGTGTTTATGAGACTTTAGTATATAAACATATGTATTAAAGGAGTAGTTTTCAAACAGCATGATAGTCTGTAGTCTGTTGCAGACACACATTGCTAGATTCTACTGTCAGTTTCTAGCACAGTGTGCTGGCTGGACCCATGAGTTTACGTTTCTA
This mutation is a 2551 bp deletion beginning at Chromosome 10 position 31,503,602 bp and ending after 31,506,152 bp (GRCm38/mm10).
Primer | 5' Label | Sequence 5' → 3' | 3' Label | Primer Type | Reaction | Note |
---|---|---|---|---|---|---|
49293 | CCC AGT ATG CAT TTC TTA AAG C | Common | A | |||
49294 | AAA AGT CTT ATG AGC ATC CCT GAA G | Wild type Reverse | A | |||
49296 | Fluorophore-1 | CAG GAT CAT AAT GGT AAA ACT AAT ATT GGG | Quencher-1 | WT Probe | ||
49297 | Fluorophore-2 | TGT TCA TGT TTC CTA CAG GAT GTG TTT AT | Quencher-2 | MUT Probe | ||
50767 | CTG CAA CAG ACT ACA GAC TAT CAT GC | Mutant Reverse | A |
Component | Final Concentration |
---|---|
Kapa Probe Fast QPCR | 1.00 X |
ddH2O | |
49293 | 0.40 uM |
49294 | 0.40 uM |
50767 | 0.40 uM |
Wt Probe | 0.15 uM |
Mutant Probe | 0.15 uM |
DNA |
Step | Temp °C | Time | Note |
---|---|---|---|
1 | 95.0 | -- | |
2 | 95.0 | -- | |
3 | 60.0 | -- | |
4 | -- | repeat steps 2-3 for 40 cycles | |
5 | 40.0 | -- | Forever |