Blog Post October 05, 2020

JAX®小鼠模型搜索指南

杰克森实验室小鼠资源库(JAX® mice repository)目前保有超过12,000多个独特的小鼠品系,其中大部分品系来自于全球各地研究者的捐赠,我们的小鼠品系数量还在逐年增长中。那么如何高效的在这12,000多个小鼠品系中找到我们需要的小鼠模型呢?今天我就为大家介绍几个快速简便的方法进行小鼠模型的查找。

首先,让我们从JAX®小鼠搜索引擎 (JAX® Mouse Search)开始吧!

JAX®小鼠搜索引擎可以通过品系货号(stock #)、品系名 (strain name)、等位基因名(allele)、基因名(gene)以及其他关键词进行搜索(图1)。

图1. JAX®小鼠搜索页面

 

  1. 使用已知小鼠品系货号进行搜索

当您已经知道了JAX®小鼠的6位数品系货号(可能来自已发表文章的“材料和方法”部分),就可以直接在搜索框中输入相应货号进行查询(图2),回车之后页面将自动跳转到货号对应的小鼠品系详情页面。

图2.  按品系货号搜索

  1. 使用品系关键词进行搜索

JAX®小鼠搜索引擎的关键词搜索范围涵盖了从小鼠名称到小鼠品系详情中的所有文本,因此,您输入的关键词越详细,返回的结果也越准确。

以下是几个可以在JAX®小鼠搜索引擎中提高模型搜索效率的小技巧:

使用 “”可以限定短语关键词,如“breast cancer”规定了搜索范围是包含breast cancer 这一短语的结果。如果将双引号去除,直接在搜索框中输入breast cancer,那么结果中除了breast cancer这一短语,还会包含单独的breast相关的语句和cancer相关的语句。

使用|分隔不同的关键词,表示搜索到的小鼠模型结果中,只要品系名或者品系描述中含有符合以上关键词中的一个即可。如搜索cre|EGFP,那么查找到的小鼠模型会包含cre小鼠模型、EGFP小鼠模型以及同时携带cre和EGFP的小鼠模型。

下面我将通过几个案例介绍使用不同类型的关键词进行品系搜索的过程。

1)当您知道小鼠品系名,但不知道货号的时候

比如我们需要用到重度免疫缺陷小鼠NSG,其品系标准命名为 NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJ(点击小鼠品系标准命名,了解如何正确命名您的小鼠模型),我们可以输入其品系简称NSG(图3) ,也可以使用品系标准命名NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJ进行查找。当结果返回后,您可以点击相应的小鼠品系名进入品系详情页面。如果返回多个结果,可以使用查询结果页面左侧的筛选栏进行筛选(注意,在进行下一个模型搜索前,如果筛选要求不一样,请确保将筛选栏中的筛选条件清除)。

筛选栏包含以下几个部分:

用途(Usage),勾选后显示可以提供给盈利机构(比如CRO,Biotech和Pharma)使用的小鼠模型(注:JAX的小鼠模型通常都可以提供给非盈利机构);

品系类型(Strain Type),包括遗传背景是否同源(Congenic), 近交系(Inbred Strain),远交系(Outbred),杂交品系( F1 or F2 Hybrid)等等;

平台类型(Platform),包括cre系统(Cre Expressing,Cre Reporter),绿色荧光标记(GFP),四环素诱导系统(Tet On/Off)等等;

品系属性(Strain Attributes),包括条件性敲除(Conditional ready),敲除(Null/Knockout),靶向突变(Targeted Mutation),转基因(Transgenic)等等;

产品类型(Products),包括活体小鼠(Live Mouse),冻精(Frozen Mouse Sperm),冻胚(Frozen Mouse Embryo),小鼠ES细胞系(Mouse ES Cells)等等。

经过筛选后仍有多个小鼠品系时,可以使用右上角的排序选项(sort by),从中选择按照供货状态(Availability)、热门度(Most Popular)、相关度(Most Relevant)或者品系名称的字母升/降排序(Strain Name (A-Z)/(Z-A))。此外,品系介绍的显示方式可以在排序选项的后方View进行更改,有列表(List)显示和细节(Detail)显示两种方式。

图3.  使用品系简称搜索

2)按疾病领域查找

JAX®小鼠搜索引擎搜索范围可以覆盖小鼠品系详情的所有文本,因此您也可以使用疾病名称或者表型进行小鼠模型的查找。以狼疮(Lupus)模型为例,在搜索框中输入lupus,返回了90个品系结果。我们可以在搜索框中继续输入关键词以缩小范围,也可以从搜索框的左下角筛选栏部分进一步限定模型范围(图4)。

图4.  通过疾病或表型查找

3)按基因名查找

当我们需要查找和某个基因相关的小鼠模型时,我们可以在搜索框中输入该基因名。以瘦素受体Lepr(Leptin receptor)基因为例,在关键词搜索中输入Lepr,返回47条与Lepr相关的小鼠品系信息,同样的,您可以通过不同的筛选项限定搜索范围(图5)。

图5.  使用基因名搜索

Tips: JAX小鼠搜索具有联想功能,当您在输入关键词的时候,如系统中存在相关信息,会出现一个下拉菜单,您可以在其中寻找是否有符合您搜索要求的信息(图6),如果没有符合要求的选项或者无需缩小搜索范围,那么当您输入完所需的关键词后,按下回车键,就会返回您当前输入的关键词搜索结果。

图6.  JAX小鼠搜索关键词联想功能

使用MGI网站进行查找

如果您使用JAX®小鼠搜索引擎找不到您需要的小鼠模型,或者结果太多,难以筛选,那么可以尝试使用小鼠基因组信息学数据库(MGI: Mouse Genome Informatics)进行查找。

使用MGI查找小鼠模型时,最简单的是从基因名开始搜索。我们以Prkdc (protein kinase, DNA activated, catalytic polypeptide)基因相关的小鼠模型为例进行演示。

Step 1

在MGI主页的搜索框中输入基因名Prkdc,回车后返回一系列 /模型资源。在列出的信息中,“Symbol”下方列出的基因名或等位基因名为目前使用的标准基因命名,可以链接到相关的基因信息页面,“Best Match”中列出了基因的其他简称、曾用名、或者与之匹配的人类中的同源基因命名等等(图7)。

图7.  从MGI网站搜索基因信息

Step 2

点击您感兴趣的基因名或等位基因名,进入详情页面。当我们需要查找相关小鼠模型的时候,可以在“Mutations, Alleles, and Phenotypes”部分找到“Find Mice (IMSR)”(IMSR: International Mouse Strain Resource,国际小鼠品系资源库,是一个可搜索的在线小鼠资源数据库,包含了全球不同资源库可提供给研究人员使用的小鼠品系或ES细胞系),这里显示了针对该基因,目前全球的主要小鼠资源库中收入有129个相关小鼠品系或ES细胞系(图8)。

图8. MGI基因详情信息页面

Step 3

点击Find Mice后方的链接,进入IMSR。当我们点击“供应商(Provider)”按钮后,就能看到目前可以提供Prkdc相关等位基因小鼠模型的资源库列表,我们可以通过筛选资源库缩小查找范围。除了“供应商(Provider)”以外,还可以从保种状态(State),模型类型(Type)和构建方法(Mutation)等进行筛选(图9),最后点击相应的小鼠品系,即可链接到小鼠品系详情页面。

图9.  IMSR中筛选小鼠模型

在MGI中按照以上基因名搜索的方法进行品系查找的特点在于最后IMSR中返回的小鼠品系名中均携带我们所查询的基因名,而不会和JAX®小鼠搜索引擎中那样,基因名可能出现在品系详情的描述文本而非品系名中。

如果以上资源和方法都无法满足您的搜索需求,那么您可以将您的模型需求发送到 micetech@jax.org 或致电400-001-2626,我们的技术服务部门会为您提供帮助(Tips: 在来信中注明您的姓名和单位将有助于您的邮件尽早转到我们的技术信息服务部门哦)。