Blog Post October 05, 2020

如何在JAX小鼠品系信息手册中快速寻找小鼠模型信息?

当您准备使用一个已有的小鼠模型进行研究时,一定特别想了解关于这个小鼠模型的所有已知特征和历史,确保该模型能够满足您的研究需求,使研究计划能够顺利开展。这些小鼠信息包括但不限于:该小鼠模型是否适合于您的研究?这个小鼠模型和文献报道的是同一个模型吗?如何选择合适的基因型进行繁育和种群维系?怎么样去进行基因型鉴定?小鼠的遗传背景是什么?实验对照组怎么选择?面对这一连串的问题,JAX的小鼠品系信息手册(strain datasheet)将为您提供所有您需要的信息。

JAX的小鼠品系信息手册页面包含了以下8个部分(图1):

  1. Overview 摘要
  2. Details 品系详情
  3. Genetics 遗传学信息
  4. Disease/Phenotype 疾病/表型
  5. Technical Support 技术支持
  6. Pricing & Availability 价格及供货情况
  7. Terms of Use 使用条款
  8. Related Strains 相关品系

图1. JAX小鼠品系信息手册页面信息分布

下面我将以肌萎缩性脊髓侧索硬化症模型(Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS)B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock#002726)为例,带您熟悉JAX小鼠品系信息手册的各个部分,方便您快速了解JAX小鼠模型(Tips: 在继续阅读之前,我建议您打开品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J的品系信息手册链接,同步浏览该小鼠品系信息手册的各部分信息)。

1. Overview 摘要

摘要部分提供了小鼠的基本信息,如别称、品系类型(包括转基因,基因敲除,靶向突变,条件性敲除等等)、适用领域等(图2-A)。如品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock#002726)是一个转基因小鼠模型,表达携带G93A突变的人SOD1基因,可用于神经肌肉疾病的研究。在有些品系中还提供了小鼠的外观照片(图2-B)。由于JAX的小鼠模型大部分来自于研究者的捐赠,因此我们还在摘要部分列出了小鼠品系捐赠者(Donating Investigator)的信息(图2-C),包括捐赠者姓名和所属单位,如果您需要了解一些与品系相关的尚未报道或尚未发表的信息和数据,也可以尝试联系品系捐赠者进行询问。

图2. Overview信息分布

2. Details 品系详情

品系详情通常包括详细说明(Detailed Description),品系建立(Development), 表达数据(Expression Data), 对照选择(Control Suggestions) 和精选参考文献(Selected References)五个部分(图3)。


图3. Details信息分布

Detailed Description列有模型涉及基因或遗传信息的简要描述,包含来自于捐赠者、已有文献报道以及JAX品系管理员观察到的小鼠特征,如育性和表型等,此外,还有小鼠模型的适用领域等等。这一部分对小鼠的介绍通常要比在Overview部分更为详尽。如品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock#002726)的详情描述中除了包含概览中列出的信息,还提供了该模型在不同遗传背景下的表型差异信息。

Development部分记录了小鼠的构建过程和引进到JAX前后的繁育历史。JAX对一部分品系进行了遗传背景的SNP检测,结果也列于此部分。因此,这部分信息是我们了解和判断小鼠遗传背景的重要依据。品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock# 002726)的遗传背景为B6SJL的混合遗传背景。

在转基因小鼠品系中通常还会包含Expression Data部分,提供了转基因在小鼠中的表达信息,包括表达的外源基因及其表达的细胞/组织。

Control Suggestions 列有可作为该品系实验对照组小鼠的选择建议,如品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock#002726)的建议对照组小鼠为“noncarrier”(即同窝野生型,为不携带转基因的小鼠),或品系B6SJL-Tg(SOD1)2Gur/J (stock#002297)(SOD1野生型)。对于复杂遗传背景,您可以通过“Additional Information”下方的“Considerations for Choosing Controls”链接了解不同转基因或突变类型及不同繁育方式下如何进行对照组选择(图4)。


图4. Control Suggestions信息分布

Selected References部分列出了小鼠品系构建或所含等位基因相关的参考文献。

3. Genetics 遗传学信息

与小鼠品系相关的遗传信息都可以在Genetics部分找到,如转基因构造和突变位点等等。

品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock# 002726)携带了一个转基因构造Tg(SOD1*G93A)1Gur(图5),点击展开该项后可以看到该转基因构造的详细信息,如等位基因名称(Allele Name)、类型(Allele Type)、基因符号和名称(Gene Symbol and Name)、启动子(Promoter)、表达的基因(Expressed Gene)、构建品系的原始遗传背景品系(Strain of Origin)、转基因或突变所在的染色体编号(Chromosome)、转基因或突变的概况说明(General Note)、分子信息备注(Molecular Note)以及构建该突变或转基因的研究者信息(Mutations Made By)。其中等位基因符号(Allele Symbol)、基因符号和名称(Gene Symbol and Name) 可以直接链接到相关转基因构建或等位基因的MGI(Mouse Genome Informatics)网站页面,提供该转基因或等位基因更丰富更全面的信息。

图5. 品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock# 002726)的遗传信息

4. Disease/Phenotype 疾病/表型

疾病/表型部分通常包含疾病术语 (Disease Terms),表型相关研究领域 (Research Areas by Phenotype),基因型相关哺乳动物表型(Mammalian Phenotype Terms by Genotype),表型信息 (Phenotype Information)和参考文献(References) (图6)。


图6. Disease/Phenotype信息分布

Disease terms部分提供了与小鼠品系所涉及到的基因相关的人类疾病信息。如品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock# 002726)中的Tg(SOD1*G93A)1Gur与人I型肌萎缩性脊髓侧索硬化症(Amyotrophic Lateral Sclerosis Type I)有关。

Research Areas by Phenotype列有该小鼠模型可支持的研究领域或方向。

Mammalian Phenotype Terms by Genotype提供了与品系相关,如包含了相同的转基因或突变等位基因,但不一定完全一致的小鼠模型信息,这些品系可能除了该转基因或突变等位基因外还存在其他转基因或突变,并且可能建立在其他遗传背景上。展开选项即可获得相应模型已报道的表型,每项表型后面都列出了文献出处和MGI相关资源的链接。当我们在参考这部分信息的时候需要特别注意,这里列出来的品系与我们正在查询的JAX小鼠品系是相关的,但并不一定完全相同。

Phenotype Information列有该品系的表型信息,除了JAX收集到的表型数据,也有一些外部链接。

References列出了小鼠品系相关的参考文献,包括品系构建相关的原始文献、转基因或突变等位基因相关的文献和使用该品系后发表的研究文献列表。

5. Technical support 技术支持

技术支持部分包含小鼠的基因分型方案(Genotyping Protocols),繁育策略(Mating System),育种须知 (Breeding Consideration)等信息(图7),在有些小鼠品系中还会列出外观描述和饲料信息。外观描述主要为毛色信息以及与之相关的毛色决定基因,饲料信息则是该小鼠品系在JAX所饲喂的饲料名称和脂肪含量(需要注意JAX饲料信息仅作为在您所在设施内使用饲料的参考)。

图7. Technical Support信息分布

Genotyping Protocols列出了与品系相关的基因型鉴定方法,有时同一个靶标会对应多个protocol,我们在每个protocol前都标注了所用基因型鉴定方法的类型(点这里了解常用的JAX基因型鉴定方法类型),这些方法都是经过JAX验证的切实可行的。点击相关方法的链接就可以进入具体的基因型鉴定方法页面,基因型鉴定方法中通常包含预期结果(Expected Results)和引物序列,此外还包含一些PCR反应参数设置,由于PCR的参数设置不仅和所用引物的自身参数和扩增片段大小相关,还与所用的试剂(比如DNA聚合酶的效率)和仪器相关,因此我们省去了PCR反应的部分参数设置信息(如退火和延伸时间),需要研究者按照所在室验室的实际情况进行设置。

Mating System提供了JAX的小鼠育种专家对于该品系所进行的育种尝试中被证明可行且较为高效的繁育策略。如果您需要引进的小鼠是用于扩繁和保种的,那么这部分信息尤为重要,因为有些突变或转基因小鼠会存在一定的生殖缺陷,只有选择合适的基因型进行配繁才能得到子代;还有一些小鼠品系是建立在特定遗传背景上的,遗传背景改变会显著影响小鼠的表型,因此需要与特定遗传背景的小鼠进行繁育。品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock# 002726)是维系在B6SJL的混合遗传背景上的,为了在传代过程中保持其混合遗传背景以确保表型的稳定,该品系需要使用C57BL/6J (B6) 雌性与SJL/J (SJL) 雄性小鼠繁育所得的杂交F1代(B6SJLF1 stock#100012)雌鼠与携带Tg(SOD1*G93A)1Gur 转基因的半合子(Hemizygote)雄鼠进行繁育,给出的繁育策略表示为:F1 x Hemizygote 。

Breeding Consideration主要是JAX的种群管理员在维护该品系时观察到的与繁育相关的小鼠品系特征和表型,对于存在繁育表现不佳和对环境敏感的小鼠品系,这里会列出非常有价值的繁育建议和注意事项。这部分末尾Additional Breeding and Husbandry Support 可以链接到一系列与繁育和种群管理相关的JAX资源。

Technical Support底部的Animal Health Reports提供了小鼠所在房间的微生物检测报告和屏障设施等级信息。JAX的小鼠主要有3个不同的来源:Pathogen & Opportunistic-Free Animal Rooms,Pathogen-Free Animal Rooms和JAX Faculty Strains。其中Pathogen & Opportunistic-Free Animal Rooms对微生物的检测排除和管理最为严格,不允许特定病原体及机会性病原体的存在;Pathogen-Free Animal Rooms不允许特定病原体的存在,但对某些机会性病原体不做硬性排除。JAX Faculty Strains又分为不同的屏障等级,对特定病原体和机会性病原体的容忍度也不尽相同。点击链接了解JAX不同等级鼠房的微生物检测和排除项目。除了检测的微生物项目,JAX对于不同屏障的物料和人员进出管理也有严格的规定,JAX小鼠生产、保种和繁育服务设施分为三种不同的屏障等级:Standard barrier(标准屏障), High barrier(高屏障),Maximum barrier(最高等级屏障)。点击链接了解JAX不同屏障的物料和人员进出管理标准。

6. Pricing & Availability 价格及供货情况

Pricing & Availability 列出了可订购的小鼠周龄、性别、基因型和小鼠价格(该价格为小鼠价格,不包含税费,运费等小鼠以外的附加费用)。如品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock# 002726)目前可以提供4-10周龄的雌性和雄性Noncarrier (同窝野生型)和Hemizygous(转基因半合子)小鼠。一部分小鼠品系还会列出按照最佳繁育策略配对好的繁育对信息。中国大陆地区有关JAX小鼠的询价和订购咨询,可以联系北京澄天生物科技有限公司(授权代表 JAX®小鼠,临床和研究服务)。

图8. Pricing & Availability 信息分布

7. Terms of Use 使用条款

Terms of Use为使用条款信息。任何研究人员在使用JAX小鼠时,均需了解并遵守JAX的通用使用条款。一部分小鼠品系还需要遵守额外的使用条款限制或在订购前申请License。如工业客户在使用品系B6SJL-Tg(SOD1*G93A)1Gur/J (stock# 002726)前需要申请License。

图9. Terms of Use 信息分布

Related Strains 是按照所查询品系的关键词信息,如涉及的等位基因、表型、疾病领域、应用领域等关联的一系列小鼠品系,可以按照需求进行查看。


图10. Related Strain信息分布

如果您对小鼠品系信息手册中的信息有任何疑问,或者未找到所需的信息,可以发送邮件到 micetech@jax.org , 我们的技术服务部门会为您提供帮助(Tips: 在来信中注明您的姓名和单位将有助于您的邮件尽早转到我们的技术信息服务部门)。

相关资源

JAX小鼠模型搜索指南

小鼠标准品系命名快速导引