Protocol 20077: End Point Analysis Assay - Trem2<em1Adiuj>

B6.Cg-Apoe^{tm1.1(APOE*4)Adiuj} Meox2^tm1(cre)Sor Trem2^em1Adiuj/J

Stock No: 033770

Version 1.0

Notes

The genotyping protocol(s) presented here have been optimized for reagents and conditions used by The Jackson Laboratory (JAX). To genotype animals, JAX recommends researchers validate the assay independently upon receipt of animals into their facility. Reaction cycling temperature and times may require additional optimization based on the specific genotyping reagents used.

Expected Results

>chr17:48487850+48487972 123bp ACTTATGACGCCTTGAAGCA CTTCTTCAGGAAGGCCAGCA

CACTGGGGGAGAC(g/a)CAA(g/a)GC(c/a)TGGTGTCGGCAGCT

Mut = A, A, A

WT= G, G, C

 

Sequence

SEQ

JAX Protocol

Protocol Primers

Primer	5' Label	Sequence 5' → 3'	3' Label	Primer Type	Reaction	Note
29795		ACT TAT GAC GCC TTG AAG CA		Forward	A
29796		CTT CTT CAG GAA GGC CAG CA		Reverse	A
29799	Fluorophore-1	AGA CGC AAG GCC TGG TG	Quencher-1	WT Probe
29800	Fluorophore-2	AGA CAC AAA GCA TGG TGT CG	Quencher-2	MUT Probe

Reaction A

Component	Final Concentration
Kapa Probe Fast QPCR	1.00 X
ddH2O
29795	0.40 uM
29796	0.40 uM
Wt Probe	0.15 uM
Mutant Probe	0.15 uM
DNA

Cycling

Step	Temp °C	Time	Note
1	95.0	--
2	95.0	--
3	60.0	--
4		--	repeat steps 2-3 for 40 cycles
5	40.0	--	Forever

JAX uses a very high speed Taq (~1000 bp/sec), use cycling times recommended for your reagents.

Strains Using This Protocol

Stock Number	Strain Name
034454	B6(SJL)-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Plcg2^em3Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
028709	B6(SJL)-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031668	B6(SJL)-Cr2^tm1(CR2,CR1)How Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
034036	B6(SJL)-Trem2^em1Aduci/J
033868	B6.Cg-Adamts4^em1Adiuj Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
030320	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Abca7^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
036243	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Abca7^em2Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
030283	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Abca7^em2Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
033873	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em1Adiuj Cd2ap^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
033869	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj Bin1^em1Adiuj/J
030670	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031722	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em2Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
030673	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Ceacam1^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031944	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Clasp2^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
030304	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Il1rap^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
032777	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Il1rap^em2Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
033541	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Il34^em1Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
033770	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Meox2^tm1(cre)Sor Trem2^em1Adiuj/J
030674	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Plcg2^em3Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
033913	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Ptk2b^em1Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
033867	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Ptprb^em1Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
032775	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Scimp^em1Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031942	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Snx1^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031940	B6.Cg-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Sorl1^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
033875	B6.Cg-Epha1^em1Adiuj Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031938	B6.Cg-Kif21b^em1Adiuj Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
036242	B6.Cg-Mthfr^em1Adiuj Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
030922	B6.Cg-Mthfr^em1Adiuj Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
032774	B6.Cg-Pilra^em1Adiuj Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj App^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
038908	B6.Cg-Tc(HSA17)2Mdk App^em1Adiuj/J
031946	B6;SJL-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Erc2^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031950	B6;SJL-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Mtmr4^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
030771	B6;SJL-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Plcg2^em1Msasn Trem2^em1Adiuj/J
031952	B6;SJL-Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Shc2^em1Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
031948	B6;SJL-Slc6a17^em1Adiuj Apoe^tm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2^em1Adiuj/J
027918	C57BL/6J-Trem2^em1Adiuj/J
36 strains use this protocol