Taqman qPCR protocols are run on a real time PCR instrument. Use an appropriate instrument specific Fluorophore/Quencher combination.
>chr18:76941148+76941268 121bp TTGACCTGAACAGTGAGAGCA TATGGGCTGATTTTGCCAAC
Mut= 125 bp
Wt= 121 bp
Fam=Mut
Hex=Wt
Wt Sequence (deletion in lower case):
AATGCACTTTAAAATTTGCCCACTCAGGCGTTTTCATACTGATACTTGGTTAGATGACAGAACTCTTAGACTGAATTCGTAGTTACTCACCCTAGCACTGCATTTGTTTTTTAGTTCTTCATTGACAAAAGATTCTTTTGATAATTTTGAAAAAGGAAAAAAAAAATCAGGTTGTGACAGTTGCcatctttactgaactgaacaccatgaaatcatttgaactgtagattttgtaaaatcatagtgaaatgaagaaaatatggttgttgccactatcaaaagaaaaaaattaaagaactcaatattttaactttaagatgtatgagtttatacttaatatcttcacagggctcaaactagtttttaaaagatggctaatgagggaacaagacaagtgcataatacatttaactcaactaatcatctttgtcttgcacagttggctggggaacagaccagggaatcggtggatttggagaggagccaggaattaaatctcaactaatgaaccttattcggtctgtaagaaccgtgatgagaggtaagaagaacttagaggacgttataagttacagtccgtggtccagtttcagaccccaaagcgtgggtgaatgtgagctctcaggttctctttgtgtggaacatggacttctgtaacctgaatttactgcttcagagttgctggccgctttcttccattgcatctgacttctaggaagttcagtgttactagtacactctgtgtgtttcctgtcagggcagaaagacaaaatgatgtccttactgcttaggaactgtagctgccatcttgtaatgtagagtcatgaagaagtttccaagagtgaaataaaggctctgtattgtattgaaaaatactttggagcaactcttcaatcaagaaagagttcagataccttgtatttaaacaatgggattagagccttttcaaaccttaatcatagctttgggtttattgttaataattttattctttttgatgaaactgcagaaccttccttgaactgtatttctgctccagtgtgcagctgtgtggatctgtctgatcctttgtgttcccagagctgcagcagcaccatccagtggtgcctccaaacacccagacatatggtggggtggggcatggtggtccacacctgcagtcccatcccttgggagggctacagaggcattcctggttcacctccatccaacaaaagaaaatgtctttggttttatggtcatttatttttctgttattactattactatatgattatgatggcatatttatagatacttccatactcctcggaagctatttattgctgtttaattttttgtttgtttgttttttatactaacaaactttatttttttcttttagtgccattgataatagtaaactcaattactattgtattgcttctgttatttggctgaacatcgttgggaaatcagagactgagaagaagaaaagccccagaagttactttctgttgtgaccggaatattcatgtttcagcaggctcatcttgcagttgacaaaaaaaaaaagaaaaaaaaagtaaagttgacaataaaaccagagtttctatctatctgatttttttttttttttaattgtagttgcacttgtagatcagattatcagaggcaggagcactcccggattggagcatacttgttttagctaaaataggtaaaggctaggaaagggcacaaaactgctgcctttgtgtcactccatacgacaccctgttacagctcagggatggatttagatataatctgagagtatataacttcctatataaacttaagagtttttttaaagtaacagttacatctagttgacaaattggtatttgggtaatttattttgaactctttggttacctcgtttctgctataaagaaatttgtaggtaactctacggggcaatgccgtgatttcagagagaattctaattctggaaaccagttgtttgggaactgtggtttttacgatattatttattagttgacctgaacagtgagagcagactgcttacatattttcctttgtaggaagtcttgcctgttttacaaggatttgttttataaaaatcagtgtaactgttagttggcaaaatcagcccatacagtcagactagcctgctcccgtgactgtctgttaggaagcctttgccttccttaggttgtgcttccattcctcggcggagtggcatgctgtaggtatgattcttaattctgtctgtaggtaggttgttgattctaagtagctttcgtttgttcgtctgtcttatgtcttagaccagctttgtggtgttcttggctcatctcataatactgttgttcagtttatatcagaagagttaaactgtgcaaatattgtatgaaatgtttcagttaccataatttaaaggggtgggatggcatctttctgtatagaaaacttttataaataaagttgacttttcatattaagcgtctgatttatgcctttatatagacctggcattatgagtttgttgatccctcttttattcttcactgtaaaattgctgagtagaaatttaatgaatgttaatattcataatctatttgtttcttcagtgaattaactgaattgttgacataaatcaagagaatccttgcgtaacttttaagttactgctaactggggcaggtattgaagatctcctggtaatgtctcaattggagagagtgggtctttccttcagtcttcagggctgtcagcggtacCAAAAAAGTGTCCTTGAATCCTTGGCCCCTCCCCTGTGAGGAGCTTGGTCCCAGGATGTTCCCTTGGCCTCAAAGCTAACAGGCCAATCTTGCTGACTCACACCTCATTTTATTTTATTTTTTTTAATTGTTGAAGATGATTGCATCCAAGTTTGAGCCTCAAATCAGATCTTTAAAA
This mutation is a 2581 bp deletion beginning at Chromosome 18 position 76,939,313 bp and ending after 76,941,893 bp (GRCm38/mm10).
Primer | 5' Label | Sequence 5' → 3' | 3' Label | Primer Type | Reaction | Note |
---|---|---|---|---|---|---|
40040 | TTG ACC TGA ACA GTG AGA GCA | Wild type Forward | A | |||
40041 | TAT GGG CTG ATT TTG CCA AC | Wild type Reverse | A | |||
40042 | TCA CCC TAG CAC TGC ATT TG | Mutant Forward | A | |||
40043 | GGC CAA GGA TTC AAG GAC AC | Mutant Reverse | A | |||
40044 | Fluorophore-1 | TTT GTA GGA AGT CTT GCC TGT TTT A | Quencher-1 | WT Probe | ||
40045 | Fluorophore-2 | AGG TTG TGA CAG TTG CCA AAA | Quencher-2 | MUT Probe |
Component | Final Concentration |
---|---|
Kapa Probe Fast QPCR | 1.00 X |
ddH2O | |
40040 | 0.40 uM |
40041 | 0.40 uM |
40042 | 0.40 uM |
40043 | 0.40 uM |
Wt Probe | 0.15 uM |
Mutant Probe | 0.15 uM |
DNA |
Step | Temp °C | Time | Note |
---|---|---|---|
1 | 95.0 | -- | |
2 | 95.0 | -- | |
3 | 60.0 | -- | |
4 | -- | repeat steps 2-3 for 40 cycles | |
5 | 40.0 | -- | Forever |