Taqman qPCR protocols are run on a real time PCR instrument. Use an appropriate instrument specific Fluorophore/Quencher combination.
>chr7:19698121-19698270 150bp AATTTTTCCCTCCGCAGACT CTAGGGCTAGAATAGAGTCCACAG
Mut= 150 bp
Wt= 150 bp
Fam=Mut
Hex=Wt
Wt Sequence: TCCACCCCCGCCCCCTGGTGTTCAAAGACAATTTTTCCCTCCGCAGACTGGCCAATCACaaTTGCGAAGATGAAGGCTCTGTGGGCCGTGCTGTTGGTCACATTGCTGACAGGTATGGagcaaggacttgctgtggtgccgctttttctgctcctctgtggactctattctagccctagatctcttctgctggtgggttgaggctgaggcggttctgagacctctctgagattcaatagccctgagcag
Mutant Sequence: ATGGCTCACAGATCTGAGAAGGGAAGATGGGGTTCTCTGGGTGGCCGGAGTCCCTCCACCCCCGCCCCCTGGTGTTCAAAGACAATTTTTCCCTCCGCAGACTGGCCAATCACAggcaggaagatgaaggttctgtgggctgcgttgctggtcacattcctggcaggtatggGGGCGGGGCTTGCTCGGTTCCCCCCGCTCCTCCCCCTCTCATCCTCACCTCAACCTCCTGGCCCCATtcaggcagaccctgggccccctcttctgaggcttctgtgctgcttcctggctctgaacagcgatttgacgctctctgggcctcggtttcccccatccttgagataggagtta
Primer | 5' Label | Sequence 5' → 3' | 3' Label | Primer Type | Reaction | Note |
---|---|---|---|---|---|---|
24463 | AAT TTT TCC CTC CGC AGA CT | Common | A | |||
52413 | CTA GGG CTA GAA TAG AGT CCA CAG | Wild type Reverse | A | |||
52414 | CCA GGA GGT TGA GGT GAG GAT | Mutant Reverse | A | |||
52415 | Fluorophore-1 | AGC AAG GAC TTG CTG TGG TG | Quencher-1 | WT Probe | ||
52416 | Fluorophore-2 | CCG CTC CTC CCC CTC T | Quencher-2 | MUT Probe |
Component | Final Concentration |
---|---|
Kapa Probe Fast QPCR | 1.00 X |
ddH2O | |
24463 | 0.40 uM |
52413 | 0.40 uM |
52414 | 0.40 uM |
Wt Probe | 0.15 uM |
Mutant Probe | 0.15 uM |
DNA |
Step | Temp °C | Time | Note |
---|---|---|---|
1 | 95.0 | -- | |
2 | 95.0 | -- | |
3 | 60.0 | -- | |
4 | -- | repeat steps 2-3 for 40 cycles | |
5 | 40.0 | -- | Forever |
Stock Number | Strain Name |
---|---|
034455 | B6(SJL)-Apoeem2(APOE*)Adiuj Appem1Adiuj/J |
034415 | B6(SJL)-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj/J |
034454 | B6(SJL)-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Plcg2em3Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
028709 | B6(SJL)-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
027894 | B6(SJL)-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj/J |
031668 | B6(SJL)-Cr2tm1(CR2,CR1)How Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033868 | B6.Cg-Adamts4em1Adiuj Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
029018 | B6.Cg-Apoeem2(APOE*)Adiuj/J |
029017 | B6.Cg-Apoeem3(APOE*)Adiuj/J |
030320 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Abca7em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
036243 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Abca7em2Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
030283 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Abca7em2Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033873 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj Cd2apem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033869 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj Bin1em1Adiuj/J |
030670 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031722 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem2Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
030673 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Ceacam1em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031944 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Clasp2em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
030304 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Il1rapem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
032777 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Il1rapem2Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033541 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Il34em1Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033770 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Meox2tm1(cre)Sor Trem2em1Adiuj/J |
030674 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Plcg2em3Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033913 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Ptk2bem1Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033867 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Ptprbem1Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
032775 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Scimpem1Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031942 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Snx1em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031940 | B6.Cg-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Sorl1em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
033875 | B6.Cg-Epha1em1Adiuj Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031938 | B6.Cg-Kif21bem1Adiuj Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
036242 | B6.Cg-Mthfrem1Adiuj Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
030922 | B6.Cg-Mthfrem1Adiuj Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
032774 | B6.Cg-Pilraem1Adiuj Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Appem1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031946 | B6;SJL-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Erc2em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031950 | B6;SJL-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Mtmr4em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
030771 | B6;SJL-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Plcg2em1Msasn Trem2em1Adiuj/J |
031952 | B6;SJL-Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Shc2em1Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
031948 | B6;SJL-Slc6a17em1Adiuj Apoetm1.1(APOE*4)Adiuj Trem2em1Adiuj/J |
38 strains use this protocol |